Time-Gel · canlı simülatör · DNA

Doğru sahibi bulmak neye mal olur?

UV ışığı DNA'da dimerler bırakır. Arayıcılar (XPC) iplik boyunca yürür. Biri durunca bir doğrulayıcı (TFIIH) noktayı adım adım kontrol eder; her adım ATP yakar. Gerçek hasar geçer ve kesilip çıkarılır. Sağlam nokta geçememeli; yine de geçerse hücre sağlam DNA'yı keser. Doğru onarım başına harcanan enerji, sahibi bulmanın bedelidir.

hasar (CPD)arayıcı (XPC)doğruluyor (ATP)doğru kesimyanlış kesimRNA polimeraz (gen satırları)
Harcanan ATP0
Doğru kesim0
Yanlış kesim0
ATP / doğru0
Kalan hasar0
Hata / ziyaret0

Hata ve enerjiKinetik düzeltme okuması: ziyaret başına hata = f · (fg)n. Nokta = şu anki ayar.

Saat ne görürdüTime-Gel sorusu hücrenin içine taşınınca

≈ 10⁻¹¹ s

Onaran bir hücrede Time-Gel saat kayması (uygulama notundaki tahmin). Ölçülebilecek her şeyin çok altında. Bu simülatör Time-Gel'i sınamaz.

Onarımın ürettiği entropi: σ ≈ rATP·|ΔGATP|/T. 37 °C'de bir ATP ≈ 20 kBT; burada her ATP yaklaşık 20 kB entropi ekler.

Varsayımlar

Burada seçim olan. f = 0,2 hatalar görünsün diye seçildi; gerçek NER ayırt etmesi çok daha keskindir. Adımlar ve süreler sıkıştırıldı. Önemli olan sonucun biçimi: enerji yoksa (g = 0) fazladan kontrol hiçbir şey kazandırmaz; enerjili her adım hatayı fg kadar çarparak düşürür. Kinetik düzeltme okuması (Hopfield 1974, Ninio 1975; NER için Reardon ve Sancar 2003) aynı sonuçları Time-Gel olmadan da öngörür. Makale: Information Looking for Its Owner in DNA Repair v1.0 (İngilizce).

Model çıktısıdır, deney kanıtı değildir. Bu sayfa Aziz Sancar'ın ya da laboratuvarının görüşünü yansıtmaz.